Program Studi Biologi didirikan berdasarkan Surat Keputusan bersama Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Republik Indonesia dengan Nomor 1/O/SKB/2004 dan ND/BV/Hk.00.1/058/04 tanggal 8 Oktober 2004 tentang Perubahan Bentuk Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta dan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Malang serta Surat Keputusan Direktur Jenderal Lembaga Keagamaan Islam Nomor DJ.I/529/2004 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Jenjang Sarjana (S-1) pada Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang, Jawa Timur.

Embrio (cikal bakal) Program Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang adalah Program Studi Tadris (Pendidikan) IPA (Biologi), berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. E/107/1998, tanggal 13 Mei 1998. Saat itu Program Studi Tadris IPA (Biologi) berada di bawah naungan Jurusan Tarbiyah STAIN Malang. Perkembangan selanjutnya adalah berdirinya Jurusan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) dengan dua program studi, yaitu Matematika dan Biologi. Berdasarkan rekomendasi Direktur Jenderal DIKTI, Departemen Pendidikan Nasional No. 3445/D/T/2002, tanggal 20 November 2002, Jurusan MIPA STAIN Malang berkembang menjadi 4 program studi, yaitu Matematika, Biologi, Fisika, dan Kimia.
Program Studi Biologi telah memperoleh status terakreditasi A berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia nomor: 021/BAN-PT/AkXIV/S1/VIII/2011 dengan masa berlaku sejak 18 Agustus 2011 sampai dengan 18 Agustus 2016. Dengan status terakreditasi A ini, Jurusan Biologi bertekad untuk terus mempertahankan nilai akreditasi yang telah diperoleh, sekaligus berkomitmen untuk terus mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi berbasis biologi serta integrasinya dengan agama Islam sebagai ciri khas UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.

Program Studi Biologi telah memperoleh status akreditasi Sangat Baik berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 12351/SK/BAN-PT/Akred-PMT/S/X/2021 yang berlaku sampai dengan tahun 2026, dan juga telah tersertifikasi internasional oleh AU-QA pada tahun 2020. Pada tahun 2025 Program Studi Biologi melakukan Assesment Akreditasi ASIIN dari Jerman ditahun yang sama dilakukan reakreditasi Program Studi LAMSAMA dan berhasil mendapatkan predikat UNGGUL. Dengan status akreditasi ini, Program Studi Biologi bertekad untuk terus mempertahankan nilai akreditasi yang telah diperolehnya, di samping berkomitmen untuk terus mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi berbasis biologi serta integrasinya dengan agama Islam sebagai ciri khas UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.